Bocskai István hajdúi

Az 1604. év őszén vívott győztes felső-magyarországi hadjárat után Bocskai István hajdúi a Dunántúl felszabadítására indultak. Mialatt Básta, a császár fővezére, vallon-gyalogságával és lovasságával Pozsonyban elsáncolta magát, Bocskai hajdúi Némethy Gergely vezérlete alatt átkeltek a Dunán és Sopronon át, 1605 májusában Vas vármegye területére léptek. A csepregi várból intézett kiáltványra a megye nemesei közül többen, köztük Nádasdy Tamás, Sárvár ura, Hajmássy Kristóf, Salamonfai Rátky Menyhért és Horváth Bálint csatlakoznak Bocskaihoz. Szombathely magisztrátusa a közeledő veszély hírére a város jegyzőkönyveit és iratait a németújvári várba vitette. Amikor Némethy Gergely május 26-án megjelent Szombathely vára előtt, Thury Ferenc várnagy, akit még az 1605 karácsonyán elhunyt Hetesi Pethe Márton győri püspök állított posztjára, a hajdúknak kaput nyitott. Hasonló esemény történt Körmenden is, ahol az őrség fellázadt, így a várat Kisfaludy Imre kapitány kénytelen volt feladni. Katonái ezt követően az ostromlók táborába mentek, bevárták a török-tatár segédcsapatokat és a Rába völgyén át, pusztítva, rabolva Stájerországba vonultak. A hajárat fatális eseménye volt, hogy Németújvár ostromakor az erősségnek éppen az a szárnya égett le, ahol a szombathelyi archívum anyagát „biztonságba” helyezték. Ekkor pusztult el a város valamennyi középkori oklevele. Ezalatt Batthyány Ferenc dunántúli főkapitány a Szombathely környékén pusztító felkelőket megtámadta, vezéreiket, Szeley Jánost és Bakonyi Györgyöt, akik korábban Nádasdy csapatainak parancsnokai voltak, elfogatta és a város határában fejüket vétette.